A주택 : 2008년 04월 서울 금천구 APT 부부공동명의 매매취득

 B주택 : 2008년 11월 서울 구로구 다세대주택 상속취득

 C주택 : 2011년 05월 충남 보령 농어촌주택 자가건설취득(공시가격 2억 미만)

 D분양권 : 2019년 09월 인천 남동구 APT분양권 취득 --> 2022년 03월 입주예정 

D분양권으로 인한 주택 취득 시점 이전에 A주택을 먼저 양도할 경우 상속주택에 의한 일시적 2주택과 농어촌주택특례에 해당하는 C주택을 없는 것으로 보아 A주택에 대한 1세대1주택 비과세 적용이 가능한것인지요?

A. 질의의 경우에는 A주택 양도시 B주택은 소득세법 시행령 제155조 제2항의 상속주택으로 인한 일시적 2주택에 해당하고, C주택은 조세특례제한법 제99조의 4에 따라(농어촌주택의 요건을 구비한 것으로 가정함) 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보므로, D주택은 소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적 2주택이므로(일시적 2주택의 요건을 구비한 경우로 가정함) A주택은 1세대 1주택으로 비과세되어야 할 것으로 보입니다. 

다만, 소득세법 시행령 제154조 제5항이 2021.1.1. 이후 양도분부터 시행되는데, 그 규정에서는 2주택 이상 보유한 경우 주택의 보유기간은 1주택이 된 날부터 기산하되, 소득세법 시행령 제155조, 제155조의 21 조 제156조의2, 제156조의 3에 따라 일시적 2주택인 경우에는 당초 취득일부터 기산하도록 하고 있습니다. 조세특례제한법 제99조의4에 따른 농어촌주택은 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보므로 주택의 보유기간 계산시 그 주택은 보유하지 않은 것으로 보고 주택의 보유기간을 계산해야 할 것으로 보이나, 아직 이 부분에 대한 유권해석이 없으므로 국세청에 질의해서 확인하시는 것이 좋을 것 같습니다.