Q. 사업양수도 시 부가가치세 대리납부 

A. 부가가치세법 제52조 제4항은 사업양수도의 경우, 양수인이 대가 지급 시에 부가가치세를 징수하여 다음달 25일까지 대리납부할 수 있는 것으로 규정하고 있습니다. 이 경우 세금계산서 발급방법과 관련하여 예를 들어, 자산 100억원(외상매출금 20억원, 토지 20억원, 건물 60억원)이고, 부채가 20억원이어서 사업양수도 가액이 80억원인 경우에 양도인이 세금계산서를 발행해야 하는 가액이 양수도 가액인 80억원인지 또는 부가가치세 과세대상 자산인 건물 가액인 60억원이 되는지에 대하여 사업양도시 대리납부제도를 도입한 것은 사업양도가 아닌 거래를 사업양도로 보아 부가가치세를 징수하지 않는 경우의 공급자에게 막대한 세금이 추징되고, 사업양도인데 일반거래로 보아 공급자가 세금계산서를 발급한 경우 매입자가 매입세액을 불공제당해 막대한 세금이 추징되는 문제를 해소하기 위한 것입니다(국회 개정세법 검토보고서). 사업양도시 과세대상만 구분해서 부가가치세를 대리납부하게 되면 양도대가를 과세대상자산과 면세대상자산으로 구분하는 업무상 부담이 큽니다. 따라서 전체 양도대가를 기준으로 대리납부하는 것이 업무처리상 더 효율적인 것으로 보입니다. 이러한 취지에서 보면 전체 양도가액를 기준으로 대리납부하고, 대리납부한 세액은 전액 매입세액공제를 하는 것이 합리적인 것으로 보이나 현재 부가가치세관련법령에는부가가치세 과세대상에 대해서만 대리납부하는지, 아니면 전체 양도가액에 대하여 대리납부하는 것인지에 대한 규정이 없습니다.