Q. 사업자A와 사업자B가 특수관계인에 해당하고 사업자A가 소득세법상 부당행위계산부인을 적용받는 경우 사업자B의 원가를 대응조정해야 하는 것이 아닌지? 

A. 사업자 A가 사업자 B에게 임플란트 재료 등을 판매하고, 사업자 B는 최종 조립 등을 거쳐 치과에 납품하거나 수출하고 있는데 A의 매출총이익률은 5%, B의 매출총이익률은 15%이므로 A에게 부당행위계산의 부인 적용과 관련하여 소득세법 시행령 제98조 제3항에서 부당행위계산의 부인 적용시 시가는 법인세법 시행령 제89조 제1항과 제2항을 준용하도록 하고 있으나 사업자 A가 판매하는 것이 용역인 경우에는 시가를 알 수 없으면 원가기준이익률로 시가를 산정하나 재화인 경우에는 매출총이익률로 시가를 산정하는 규정이 없습니다. 따라서 B가 매출총이익률 5%를 상회하는 이익을 얻었다고 A의 납품단가가 낮다고 하는 것이 타당한 것으로 보이지는 않습니다. 한편, A에게 부당행위계산규정을 적용하여 판매단가를 올릴 경우에 거래상대방인 B의 원가를 올려서 필요경비로 인정해 주는 것은 대응조정입니다. 국조법은 제12조에 대응조정규정을 두고 있습니다. 그러나 소득세법에는 대응조정규정이 없으므로 소득세법에 따라 부당행위계산의 부인을 적용하는 경우 A의 소득만 재계산해야 할 것 같습니다.