Q. 건물의 양도가액을 매매계약서와 부가가치세법 시행령 46조 2항에 따라 "0"원으로 보아야 하는지 여부 

A. 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 가액을 "0"으로 하고 토지의 가액을 전체 양도가액으로 한 경우 부가가치세법에서는 그 실질거래가액을 그대로 인정합니다. 

그런데 소득세법 제100조 제2항은 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산한다고  규정하고 있고, 토지와 건물을 함께 양도한 경우로서 그 가액이 소법 제100조 제2항에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 본다고 되어 있습니다. 소득세법은 구분이 불분명한 경우에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산한다고 규정하고 있는데, 본 질의의 경우 토지의 가액과 건물의 가액을 구분하였으므로 실질거래가액이 불분명한 경우에 해당하지 않는 것으로 보입니다. 

소득세법은 토지와 건물의 실지거래가액이 구분이 불분명하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 것으로 본다고 규정하면서 아무런 예외규정을 두고 있지 않습니다. 따라서 건물의 가액을 0으로 한 경우에도 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 안분계산해야 할 것으로 보입니다. 부가가치세법에서 적법한 것으로 인정한 것을 소득세법에서 인정하지 않는 것은 논리상 이상해 보입니다. 국세청에 사전답변을 신청하여 회신 받아 처리하시는 것이 필요해 보입니다. 

관련규정 : 소득세법 제100조 제2항, 부가가치세법 시행령 제64조